只有農業部和省級人民政府行政主管部門才有權設立保護區，省級以下的縣、鄉鎮、村是無權私自設立保護區，更無權私自阻攔意蜂飼養者在周邊放養蜂群。
且蜂種保護區的設立需要多層面的考察、審核，最終確認無誤后才會予以批準。這點在《畜禽遺傳資源保種場保護區和基因庫管理辦法》第十、十一、二十二條、《養蜂管理辦法（試行）》第十六條均有體現。
針對蜂種保護區，這里有三個點是需要著重點出的：
1、蜂種保護區并不等于中蜂保護區。蜂種保護區，是指國家或地方為保護特定蜂種遺傳資源，在其原產地中心產區劃定的特定區域。像東北黑蜂、新疆黑蜂，雖然是西方蜜蜂，但是在多年的環境選擇下，已適應當地環境形成了特有的蜂種，進而被作為我國特有蜂種資源，現分別設立有國家級蜂種保護區（保種場）。
2、只有農業部和省級人民政府行政主管部門才有權設立保護區，省級以下的縣、鄉鎮、村是無權私自設立保護區，更無權私自阻攔意蜂飼養者在周邊放養蜂群。且蜂種保護區的設立需要多層面的考察、審核，最終確認無誤后才會予以批準。這點在《畜禽遺傳資源保種場保護區和基因庫管理辦法》第十、十一、二十二條、《養蜂管理辦法（試行）》第十六條均有體現。
3、隨意單純地劃區設立蜂種保護區并不能做到真正的保護當地蜂種，而且其它外來蜂種對于所設立的蜂種保護區的地貌環境、蜜源情況等也不是完全適應，因此設立蜂種保護區也可以說是在反向地保護其他外來蜂種（包括但不僅限于意蜂）。
